A színésznő és Cruise közös gyermekeit, Isabellát és Connort a Szcientológia Egyház irányította azt követően, hogy szüleik szakítottak, derül ki egy megdöbbentő riportból.
A Vanity Fair érdekes titkokat hozott napvilágra Tom Cruise és Nicole Kidman kapcsolatáról. Az újság információi szerint miután a két híresség 2001-ben szakított, a gyerekek teljes mértékben anyjuk ellen fordultak. Ezt az ellenséges viszont pedig az Szcientológia Egyház generálta.
A gyerekek, akik Cruise-nál maradtak az egyház tanítóinak befolyása alá kerültek. Az egyház a gyerekeket eltiltotta anyjuktól és azt mondta nekik, hogy Kidman káros hatással lenne rájuk ha találkozgatnának vele. Kidmant a szcientológusok „eltemették” miután elhagyta az egyházat.
Isabella egy korábbi interjúban elmondta, valóban volt pár év, mikor nem volt hajlandó beszélni sem édesanyjával, azonban ennek már vége, jelenleg nagyon jó viszonyt ápol Kidmannel.
