Gyárfás Tamás 23 éves elnöksége alatt számos botrány rengette meg a sportágat. Ha le is mondott, a MÚSZ-közgyűlés újraválasztotta.
1996
Nem sokkal az atlantai játékok után robbant a botrány: a 22 fős olimpiai úszócsapatból 12 versenyző hamisított eredményekkel jutott ki. Ruza József akkori főtitkár lemondott, az áljegyzőkönyvben a versenybíróság titkáraként feltüntetett Hauer Péter szakfelügyelőtől pedig azonnal megváltak. Gyárfás is lemondott – elismerve a manipulációt, de tagadva, hogy tudott volna róla –, ám ő is és Ruza is maradhatott.
2011
A Kormányzati Ellenőrzési Hivatal (Kehi) vizsgálata a 2010-es margitszigeti úszó Eb állami támogatásának felhasználásáról megállapította: a költségvetést felültervezték, 120 millió forintra nem lett volna jogosult a szövetség, 60-at jogszerűtlenül használtak fel. Kiderült, Ruza a bt-jén keresztül 40 milliót vett fel a szövetségtől. A főtitkárnak távoznia kellett, Gyárfás maradt.
2013
Szepesi Nikolett könyvében tini úszóként elszenvedett molesztálásról, a versenyzőkkel szemben elkövetett tettlegességről írt. A molesztálással megvádolt masszőr tagadta a vádat, majd a rendőrség elévülésre hivatkozva lezárta a nyomozást. A botrány szele Gyárfást is elérte.
2015
A májusi előrehozott közgyűlés előtt az egész elnökség lemondott. Ekkor már biztos volt, hogy a 2017-es úszó-vb-t Budapest kapja. „Ha a tagság másban látja azt az erőt, ami a sikeres rendezéshez szükséges, akkor az elnökség távozik, hiszen úgy helyén való, ha a tennivalókat kezdettől a végéig ugyanazok viszik végig” – mondta Gyárfás, majd újraválasztották.
2016
Kiss László 1961-es nemi erőszak ügyének felmelegítése óriási botrányt keltett, főleg, miután az áldozat is előkerült. Kiss lemondott a szövetségi kapitányi posztról. Megint szorgalmazták Gyárfás távozását, de a bizalmi szavazás 118:2-es arányban a maradásáról döntött.
